Federalizm jest dla wielu intelektualistów i polityków najbardziej atrakcyjną wizją przyszłej integracji europejskiej, punktem docelowym wieloletnich starań, jak również, przynajmniej do pewnego stopnia, ideologią mającą mobilizować społeczeństwa na rzecz utworzenia federacji. Na gruncie studiów europejskich federalizm jest bardzo specyficzną teorią normatywną, która jest bliska ideologii politycznej, gdyż w dużym stopniu angażuje się na rzecz realizacji tejże wizji politycznej. Z tych powodów niektórzy badacze nie traktują teorii federalistycznej w studiach europejskich jako podejścia naukowego, a właśnie politycznego czy wręcz ideologicznego.
Dla wielu wizjonerów federacji w Europie podstawowym celem miało być ograniczenie roli państw narodowych, wyeliminowanie nacjonalizmów i hierarchicznej dominacji silnych państw nad tymi słabszymi, jak również rywalizacji o interesy narodowe między nimi. To miało przede wszystkim gwarantować pokój w Europie. Miało też prowadzić do ukształtowania silnego państwa federalnego oraz demokracji na poziomie europejskim, a także wspólnoty politycznej (demos) w skali ogólnoeuropejskiej.
Ojcowie założyciele integracji w Europie promowali dwie podstawowe metody zbudowania federacji, które jak się wydaje nawzajem się uzupełniają. Metoda Jeana Monneta zakładała stopniowe poszerzanie integracji w różnych dziedzinach, a zwłaszcza przechodzenie od integracji w sferze gospodarczej ku pogłębiającej się współpracy politycznej. Miało to na sam koniec przynieść upragnioną federację. Z kolei Altiero Spinelli podkreślał, że konieczne jest powołanie konstytuanty i przyjęcie traktatu powołującego federację, który mógłby następnie być ratyfikowany w referendum lub przez parlamenty krajowe. Jak się wydaje, tego typu rewolucyjna zmiana wymagałaby „momentu konstytucyjnego”, a więc odpowiednich okoliczności historycznych i dojrzałości ze strony elit politycznych i społeczeństw europejskich. Dlatego powinna być poprzedzona przez kolejne lata stopniowego rozwoju integracji europejskiej. Połączenie obu wymienionych metod proponował Mario Albertini. Jego koncepcja konstytucyjnego gradualizmu przewidywała początkowo kolejne etapy rozwoju integracji, które w późniejszym okresie stworzą warunki dla uruchomienia procedury konstytucyjnej. Albertini uważał, że federacja może zostać wprowadzona niejako metodą faktów dokonanych, tzn. poprzez wejście na ścieżkę stopniowych reform instytucjonalnych, które powinny prowadzić na sam koniec do pełnej federacji. Za taki krok uznawał wprowadzenie wyborów bezpośrednich do Parlamentu Europejskiego (co nastąpiło w 1979 roku). W wyniku tej zmiany instytucjonalnej powinno bowiem nastąpić stopniowe zwiększanie kompetencji Parlamentu, aż do uzyskania uprawnień porównywalnych z parlamentami państw federalnych. Inny krok dotyczy powołania wspólnej waluty, która wymusi najpierw wprowadzenie instrumentów federalizmu fiskalnego, a następnie odpowiedniej kontroli politycznej nad nimi, a więc instytucji federacji demokratycznej.
Federacja demokratyczna jest określana w literaturze jako system, w którym istnieje wspólnota polityczna oraz władze publiczne wybierane w drodze powszechnych wyborów zarówno na szczeblu krajowym (jednostek politycznych tworzących federację), jak i na poziomie samej federacji. Istnieją więc instytucje polityczne, określane jako „większościowe”, tzn. wyłaniane w drodze demokratycznych wyborów i kierujące się większościowym trybem podejmowania decyzji. Na obu szczeblach występuje też system prawa konstytucyjnego, co oznacza formalne istnienie konstytucji i sądów konstytucyjnych. Istnieje jednak hierarchia władzy między obu poziomami na korzyść federacji. Dotyczy ona przede wszystkim wymiaru regulacyjnego, czego wyrazem jest supremacja prawa federalnego nad krajowym, choć przy pozostawieniu pewnej autonomii legislacyjnej dla legislatur krajowych. Jednocześnie hierarchia prawa jest silnie przestrzegana w odniesieniu do interpretacji sądowniczej. Wyrazem hierarchii władzy jest też przekazanie do federacji kompetencji uznawanych za istotne dla suwerenności, takich jak polityka zagraniczna i obronna, bezpieczeństwo wewnętrzne itp. Innym atrybutem władzy są rozwinięte instytucje polityczne i administracyjne na poziomie federacji oraz kompetencje fiskalne (budżetowo-podatkowe). Czynią one z federacji strukturę państwową.
Nieco inną definicję federacji przedstawia wybitny znawca przedmiotu Daniel Elazar. Według niego federację konstruują zarówno obywatele, jak i państwa członkowskie. Uznaje również, że federacja – zwłaszcza w USA – przykłada większą wagę do praw obywateli aniżeli stanów federacji. Suwerenem jest więc wspólnota polityczna (demos) złożona z ogółu obywateli, a nie państw członkowskich. Odwrotnie jest w konfederacjach. Przykładają one większą wagę do praw i obowiązków państw oraz ich wspólnot politycznych, a nie do przestrzegania praw pojedynczych obywateli (lub praw człowieka). Dla Jürgena Habermasa cechą konfederalną jest zasada równości państw, dlatego instytucje decyzyjne powinny gwarantować równą reprezentację (lub liczbę głosów) dla każdego państwa członkowskiego. Z kolei federacje opierają się na demokratycznej równości obywateli, co oznacza, że na przykład parlament federacji powinien uwzględniać czynnik demograficzny w wyborach, a więc z krajów ludniejszych należy wyłaniać więcej posłów.
Pod względem ustrojowym konfederacja jest bliska koncepcji Europy ojczyzn. Zakłada ona dominację instytucji międzyrządowych, które pełnią kluczową rolę decyzyjną i legislacyjną. Instytucje wykonawcze są podporządkowane instytucjom międzyrządowym, mają przede wszystkim implementować wolę rządów, a autonomia polityczna technokracji wobec państw członkowskich jest stosunkowo niewielka. Parlament konfederacji ma z reguły słabe kompetencje decyzyjne, najczęściej o charakterze doradczym. Niejednokrotnie jest wyłoniony spośród posłów pochodzących z parlamentów narodowych. Władza sądownicza pełni funkcje arbitrażowe między państwami członkowskimi, a więc nie jest najwyższym sądem konstytucyjnym w konfederacji.
Naukowcy mają zróżnicowane opinie dotyczące ustroju panującego w integrującej się Europie. Elazar uznaje, że Wspólnota jest wysoko rozwiniętą konfederacją, w dodatku bez większych widoków na to, że zostanie w przyszłości pełną federacją demokratyczną. Podobnie Giandomenico Majone określa UE jako „udaną konfederację”, która jednak poniosła klęskę podczas prób przekształcenia w federację. Tożsamość narodowa, blisko 400-letnia tradycja państw narodowych w Europie, jak również silnie rozwinięta polityczność krajowych systemów wyborczych powodują, że można wprawdzie stopniowo zwiększać transfer kompetencji sektorowych na szczebel europejski, ale nie można przenieść demokracji i głównych instytucji wyborczych z poziomu narodowego na unijny. Zdaniem Elazara jednym ze źródeł ustroju konfederacyjnego funkcjonującego w Europie jest popularność myśli politycznej Jeana Bodina na Starym Kontynencie. Wyklucza ona możliwość wyższej podmiotowości obywateli aniżeli suwerennych państw.
Dla innych specjalistów Unia bazuje na fundamencie konfederacyjnym, ale z biegiem czasu wykształciła „super-strukturę” federacyjną. Uznają też, że następuje systematyczne wzmocnienie Wspólnoty przy pozostawieniu silnej władzy w gestii państw członkowskich. Określają UE jako hybrydę ustrojową lub federację suwerennych państw (a więc de facto kompilację obu dyskutowanych systemów). Również w opinii wybitnego znawcy prawa międzynarodowego Josepha Weilera – Unia Europejska to kombinacja konfederacji i federacji. Cechą konfederacji jest m.in. wymiar instytucjonalny, a więc dominacja instytucji międzyrządowych oraz pozostawienie silnej władzy politycznej na poziomie narodowym. Natomiast cechą federacji jest hierarchia systemu regulacyjnego, a więc supremacja prawa europejskiego nad narodowym i bezpośredni skutek egzekwowania unijnych regulacji na obszarze państw członkowskich. Gwarantuje ją sąd o charakterze konstytucyjnym w UE, czyli Trybunał Sprawiedliwości UE (TSUE). W ten sposób Europę cechuje „odgórna hierarchia” prawa (norm) i oddolny autorytet władzy politycznej (lub władzy realnej), a także konfederacyjny system instytucjonalny oraz federacyjny system regulacyjny. To powoduje, że w Unii powstała luka między konfederacyjną bazą polityczną i federalną super-strukturą technokratyczną, która jednak nie ma odpowiedniej legitymacji demokratycznej, a tym samym samodzielnej władzy politycznej.
Podsumowując dyskusję naukową można wskazać następujące cechy ustroju konfederacyjnego w jednoczącej się Europie, a więc bliskiego koncepcji Europy ojczyzn. Przede wszystkim nie ma wspólnoty politycznej (demos) na poziomie europejskim, ani instytucji demokracji bezpośredniej (za wyjątkiem wyborów do Parlamentu Europejskiego [PE], choć są one uznawane za bardziej narodowe, aniżeli europejskie). Nie ma też suwerena w postaci ogółu obywateli tworzących wspólnotę demokratyczną, która byłaby odniesieniem dla systemu regulacyjnego funkcjonującego w Europie lub też źródłem legitymacji politycznej dla prawa europejskiego (pretendującego do miana konstytucyjnego na Starym Kontynencie). Unia pozostaje przede wszystkim związkiem państw członkowskich, czego przejawem jest dominująca rola decyzyjna instytucji międzyrządowych.
Technokracja europejska pełni dualną rolę ustrojową w UE. Z jednej strony rosną jej kompetencje decyzyjne i autonomia polityczna wobec państw członkowskich. W niektórych obszarach Komisja Europejska (KE) pełni wręcz funkcje nadzorcze nad postępowaniem członków Unii. Ta centralizacja władzy powoduje, że trudno uznać Komisję za instytucję konfederacyjną. Nie jest jednak również silnym rządem federacyjnym, gdyż ma bardzo słabą legitymację demokratyczną. Emancypacja unijnej technokracji, zwłaszcza przed kryzysami rozpoczętymi w 2008 roku, nie miała więc ani korzenia konfederalnego, ani federacyjnego, a bardziej przypominała ustroje autorytarne, w ramach których władza wykonawcza nie ma odpowiedniego mandatu demokratycznego. Niemniej w okresie kryzysów autonomia polityczna technokracji unijnej wyraźnie słabła, a zamiast tego rosło jej nieformalne podporządkowanie najsilniejszym państwom członkowskim. W ten sposób tendencja centralizacyjna służy hierarchicznym relacjom władzy między najsilniejszymi a słabszymi członkami UE.
Ponadto, nie ma federalnego państwa europejskiego, a potencjał instytucjonalny, administracyjny i finansowy UE jest bardzo skromny. Przykładem jest niewielka ilość urzędników unijnych w porównaniu do tych pracujących w administracji narodowej, a także ograniczenie egzekucji do obszaru regulacyjnego lub powierzenie jej administracji i sądom w państwach członkowskich. Wieloletnie ramy finansowe są niezwykle skromne i wynoszą ok. 1 proc. PKB w UE. Stanowi to jedynie 2 proc. wszystkich środków publicznych w UE (dla porównania budżet federalny w USA dysponuje ponad 51 proc. środków publicznych, natomiast w Szwajcarii 33 proc.).
Wiodące uprawnienia – zwłaszcza uznawane za istotne dla suwerenności – pozostają w gestii państw i w niewielkim stopniu są przenoszone na szczebel europejski. Dotyczy to przede wszystkim polityki obronnej i zagranicznej, ale obejmuje również szereg uprawnień w zakresie redystrybucyjnym, które przynależą do polityki fiskalnej. Przykładem tego typu spraw jest polityka socjalna, zdrowotna, edukacyjna itp. W obszarze bezpieczeństwa wewnętrznego zachodzi stopniowe przenoszenie kompetencji na szczebel UE bądź ich koordynacja z poziomu europejskiego, niemniej jest to nadal domena przede wszystkim rządów narodowych. Formalna zmiana traktatów jest dokonywana jednomyślnie, co jest normą systemów konfederacyjnych. Możliwa jest również secesja, czyli wystąpienie z UE, co jest cechą konfederacji (przynajmniej formalną).
Natomiast cechami federalnymi w Europie jest przede wszystkim system prawny, a zwłaszcza zasada supremacji i skutku bezpośredniego. Niektórzy specjaliści podkreślają, że obie zasady prawa UE są zaczerpnięte z doświadczeń państw federalnych, a nie z innych organizacji międzynarodowych. W przypadku tych organizacji obowiązuje raczej znacznie słabsza norma wzajemności, która stwarza większe możliwości elastycznego stosowania przepisów lub wystąpienia z danego reżimu prawnego. Tymczasem zasada supremacji – przynajmniej w założeniach – powinna być stosowana bezwarunkowo, w sposób ostateczny i na całym terytorium federacji, co ma wymiar unifikacyjny. Także przekazanie Unii kompetencji w ramach wewnętrznej i zewnętrznej polityki handlowej oraz inne polityki wspierające funkcjonowanie wspólnego rynku są uznawane za cechy federacyjne. Stopniowo rosną kompetencje Wspólnoty w zakresie polityki fiskalnej. Dotyczą one przede wszystkim regulowania polityk budżetowych i próby harmonizacji polityki podatkowej w państwach członkowskich, co można określić mianem negatywnego federalizmu fiskalnego. Inną cechą zbliżającą ustrój Unii w kierunku federacji jest odejście od zasady równej ilości głosów dla każdego państwa w instytucjach międzyrządowych oraz rosnąca tendencja do stosowania większościowych procedur podejmowania decyzji. Na koniec o federacyjnej tendencji świadczy wzmacnianie roli politycznej Parlamentu Europejskiego, zwłaszcza od momentu wprowadzenia wyborów bezpośrednich i w wyniku stopniowego zwiększania udziału tej instytucji w procesie legislacyjnym. Niemniej Parlament nie staje się silną instytucją federacji demokratycznej o kluczowych kompetencjach decyzyjnych w zakresie podatków i budżetu, a także powoływania, rozliczania i zmiany rządu federalnego. PE jest też dużo słabszy politycznie od instytucji międzyrządowych w UE, co zbliża ustrój unijny do modelu konfederacji.
