Zmarły 21 kwietnia papież Franciszek był samodzielnym autorem trzech encyklik i współautorem jednej, wydanej zaraz na początku pontfikatu, tj. w 2013 r., a rozpoczętej jeszcze przez jego poprzednika, papieża Benedykta XVI.

Encyklika napisana we współautorstwie z Benedyktem XVI to Lumen fidei (światło wiary). Wiarę postrzega w niej papież jako światło (łac. lumen), które oświeca drogę naszego życia. W dokumencie tym wiara ukazana jest w perspektywie dziedzictwa Starego Testamentu i nowości, jaką przyniosło dzieło zbawcze Chrystusa, tj. Nowy Testament. Wiara rzeczywiście, jak wskazuje papież, staje się bramą zbawienia człowieka. Papież odnosi też wiarę do podstawowych wartości, takich jak prawda, miłość i poszukiwanie Boga, którego najprościej i najszybciej znaleźć można w Kościele, a w nim kluczowe skarby wiary, tj. sakramenty i Dekalog, które Franciszek postrzega jako fundamenty wiary czystej, wiary w prawdziwego Boga, wiary, która daje spełnienie i obietnicę szczęścia. W encyklice tej papież dowodzi, że wiara jawi się jako wartość w najwyższym stopniu kształtująca życie nie tylko jednostki, ale też życie społeczne. Prawdziwa wiara jest światłem życia rodzinnego, pokoju społecznego oraz meandrów cierpienia i wszelkich niedogodności życia. Stąd jeśli odrzuca się wiarę to w naturalny sposób ma to znacznie szersze konsekwencje społeczne, a efektem tego są wszelkie kryzysy z jakimi zmaga się współczesność, takie jak kryzys rodziny, kryzys szkoły, kryzys autorytetów. 

Pierwszą samodzielną encykliką Franciszka była encyklika Laudato si’  (pochwalony bądź) z 2015 r. Tytuł dokumentu jest cytatem z XIII-wiecznego włoskiego kantyku pt. Pieśń słoneczna.  Papież wskazał, że inspiracją do napisania tej encykliki był dla niego osoba św. Franciszka z Asyżu, na cześć którego przyjął imię na pamiętnym konklawe w 2013.  Głównym tematem Laudato si’ jest ochrona środowiska naturalnego  połączona z troską o ubogich, którzy najbardziej cierpią z powodu jego degradacji. W encyklice tej papież wyraża nadzieję, iż encyklika ta pomoże rozpoznać wielkość, pilność i piękno wyzwania, wobec którego stoi ludzkość w aspekcie ochrony środowiska naturalnego. Na wstępie Franciszek dokonuje krótkiego przeglądu nauczania poprzednich papieży na ten temat oraz różnych aspektów obecnego kryzysu ekologicznego w celu wzbudzenia stosownej, głębokiej podstawy do rozważań natury etycznej i duchowej. Następnie, wychodząc z tej perspektywy, podejmuje pewne zagadnienia wypływające z tradycji judeochrześcijańskiej, aby nadać większą konsekwencję zaangażowaniu na rzecz środowiska. W kolejnym kroku stara się dotrzeć do głębszych przyczyn obecnej sytuacji. Papież ma nadzieję, iż w ten sposób będzie można zaproponować ekologię integralną, która w swoich różnych wymiarach łączyłaby szczególną pozycję, jaką w przyrodzie zajmuje człowiek, oraz jego relacje z otaczającą go rzeczywistością. W świetle tej refleksji papież dokonuje kroku naprzód w nakreśleniu pewnych ogólnych kierunków dialogu i działań angażujących zarówno każdego człowieka, jak i politykę międzynarodową. Na koniec proponuje pewne drogi ludzkiego dojrzewania, które inspirowane są dorobkiem chrześcijańskiego doświadczenia duchowego. Warto zaznaczyć, że choć ta encyklika koncertuje się na przyrodzie i środniku naturalnym jej duży rozdział trzeci poświęcony jest człowiekowi,  a tytuł rozdziału jest znamienny Ludzki pierwiastek kryzysu ekologicznego. W tym fragmencie, co nie często się podkreśla, Franciszek opowiada się m.in. za ochroną życia, a zwolenników aborcji uznaje za takich samych destruktorów jak tych, którzy swoimi działaniami niszczą środowisko naturalne. Człowiek jest bowiem dla Franciszka integralnym elementem ekosystemu, a aborcja czy eutanazja są czynami antyekologicznymi. W encyklice tej papież podał też zalecenie polityczne. Wskazał, że polityka, której teraz potrzeba, powinna być skoncentrowana na godności człowieka, a nie podporządkowana gospodarce, ponieważ „rynek sam z siebie nie rozwiązuje wszystkiego”: „klęski” powodowane przez spekulacje finansowe dobitnie to ukazują. Szczególnego znaczenia nabierają zatem ruchy ludowe: prawdziwe „strumienie, energii moralnej”, one powinny być wprzęgnięte w skoordynowany sposób w życie społeczne. Wtedy – stwierdza Papież – będzie można przejść od polityki „nakierowanej” na ubogich do polityki „z” ubogimi i „polityki ubogich”. Inne życzenie obecne w Encyklice odnosi się do reformy ONZ: w obliczu dominacji wymiaru gospodarczego w istocie zadaniem Narodów Zjednoczonych będzie nadanie konkretności pojęciu „rodzina narodów”, pracując dla wspólnego dobra, ograniczenia ubóstwa i obrony praw człowieka. Podążając niestrudzenie „drogą negocjacji, poprzez dobre biura i polubowne sądy” stwierdza dokument papieski – ONZ powinna rozwijać siłę prawa ponad prawo siły.

Kolejną encykliką była słynna Fratelli tutti (wszyscy bracia) z 2020 r. To zarazem najbardziej społeczna encyklika Franciszka. W tekście tym braterstwo i przyjaźń społeczna są drogami wskazanymi przez papieża, aby budować lepszy świat, bardziej sprawiedliwy i pokojowy, poprzez zaangażowanie wszystkich: ludu oraz instytucji. W encyklice tej papież potwierdził  z całą mocą sprzeciw wobec wojny i, jak to nazywał, globalizacji obojętności. Sam papież określił ją jako encyklikę społeczną, a jej tytuł zapożyczył z tytuł z „Napomnień” św. Franciszka z Asyżu, który używał tych słów „zwracając się do wszystkich braci i sióstr oraz proponuje im styl życia mający posmak Ewangelii”. Encyklika ma na celu promocję światowego dążenia do braterstwa i przyjaźni społecznej. W tle znajduje się pandemia Covid 19, która – jak ukazuje Franciszek – „wybuchła niespodziewanie, kiedy pisałem tę encyklikę”. Ale globalne zagrożenie zdrowotne ukazało, że „nikt nie uratuje się sam” oraz, że naprawdę nadeszła godzina, by „podjąć marzenia jako zjednoczona ludzkość”, w której jesteśmy „wszyscy braćmi”. W dokumencie tym papież diagnozuje kondycje współczesności i wskazuje je niedomagania. Są nimi manipulacja oraz deformacja takich pojęć jak demokracja, wolność, sprawiedliwość; egoizm i brak zainteresowania dobrem wspólnym; dominacja logiki rynku opartej na korzyści i kulturze wykluczenia; bezrobocie, rasizm, ubóstwo; nierówne prawa oraz ich wynaturzenia, takie jak niewolnictwo, handel ludźmi, uprzedmiotowienie kobiet, a następnie zmuszanie ich do aborcji, handel organami. Chodzi o problemy globalne, które wymagają działań globalnych, podkreśla Papież, występując także przeciwko „kulturze murów”, która sprzyja zawiązywaniu się mafii, żerujących na strachu i samotności. Na tak wiele cieni Encyklika odpowiada jednak świetlanym przykładem dobrego Samarytanina, któremu poświęcony jest drugi rozdział pt. „Cudzoziemiec na drodze”. Papież podkreśla w nim, że w chorym społeczeństwie, które odwraca się od bólu i które jest „analfabetą” w trosce o słabych i kruchych, wszyscy jesteśmy wezwani do stawania się bliźnimi innych, przekraczając osobiste uprzedzenia i korzyści. Wszyscy jesteśmy faktycznie współodpowiedzialni za budowę społeczeństwa, które potrafi włączać, integrować oraz nieść ulgę temu, kto cierpi. Miłość buduje mosty, a „my jesteśmy stworzeni dla miłości”, dodaje papież, wzywając szczególnie chrześcijan do rozpoznania Chrystusa w obliczu każdego odrzuconego. Encyklika ta zasłynęła z podjęcia tematu migracji. Tematowi poświęcony został w całości jej czwarty rozdział pt. „Serce otwarte na cały świat”: ze swoim „rozdartym życiem”, uciekając przez wojnami, prześladowaniami, katastrofami naturalnymi, pozbawionymi skrupułów przemytnikami, wyrwani ze swoich wspólnot pochodzenia, migranci powinni zostać przyjęci, chronieni, promowani oraz integrowani. W krajach docelowych, właściwą równowagą będzie ta pomiędzy ochroną praw obywateli i gwarancją przyjęcia oraz pomocy dla migrantów. Papież wskazuje szczególnie niektóre „niezbędne odpowiedzi” przede wszystkim dla tego, kto ucieka przed „poważnymi kryzysami humanitarnymi”: udzielanie i ułatwienie udzielania wiz; otwarcie korytarzy humanitarnych; zapewnienie schronienia, bezpieczeństwo i podstawowe świadczenia; ofiarowanie możliwości pracy i formacji; sprzyjanie łączeniu rodzin; ochrona młodocianych; zapewnienie wolności religijnej. To co jest przede wszystkim potrzebne – czytamy w dokumencie – to zarządzanie globalne, które podejmie projekty na dłuższą metę, wychodząc poza pojedyncze sytuacje nadzwyczajne, w imię solidarnego rozwoju wszystkich ludów.

Ostatnia encykliką jest Dilexit nos (umiłował nas), którą Franciszek opublikował w październiku 2024 r. Tematykę tej encykliki przybliża jej podtytuł tj. O miłości ludzkiej i Bożej Serca Jezusa Chrystusa. Encyklika wpisuje się w serię encyklik papieskich poświęconych Najświętszemu sercu Jezusa, a zarazem jest pierwszą i jedyną jak dotąd encykliką o tej tematyce wydana po Soborze Watykańskim II. Jest to zarazem pierwsza i jedyna encyklika Franciszka o tematyce stricte teologicznej, bez poruszania kwestii społecznych czy – tym bardziej – politycznych.  Papież wzywa do „powrotu do serca” w świecie, który obecnie proponuje nam „aby stać się nienasyconymi konsumpcjonistami i niewolnikami mechanizmów rynku”. Wyjaśnia także, że pod pojęciem serce rozumie rdzeń i syntezę człowieka oraz element, który go spaja. Omawia również zagadnienia serca (jako metafory autentyczności) w filozofii świeckiej, polemizując ze współcześnie rozumianym prawdziwym życiem jako podążaniem za własnymi pragnieniami. Pisze, że we współczesnych nurtach filozoficznych pomijana jest rola serca na rzecz rozumu, woli i wolności, w efekcie czego ma tworzyć się społeczeństwo coraz bardziej zdominowane przez narcyzm i autoreferencyjność. Zauważa, że również w filozofii chrześcijańskiej, pod wpływem filozofii greckiej, serce było uważane za coś niższego od intelektu i woli. Franciszek podnosi też w tej encyklice temat sztucznej inteligencji, twierdząc, że jeżeli AI zyska intelekt i samoświadomość, to serce (w rozumieniu tworzenia dla samego piękna i czułości na ludzką krzywdę) będzie tym, czym będzie odróżniał się od niej człowiek. Komentatorzy wskazują, że encyklika  ta w głęboki sposób wyraża istotę i motywację całej posługi i nauczania papieża Franciszka oraz stanowi klucz do zrozumienia magisterium tego papieża.