Szukając struktury bardziej elastycznej i zróżnicowanej, a tym samym lepiej odpowiadającej uwarunkowaniu procesu integracji,  w ramach którego niektóre państwa będą się integrować głębiej i więcej, zaś inne pozostaną poza tymi procesami pojawiła się w pewnym momencie koncepcja Unii Europejskiej jako „postimperialnego imperium”, opartego na wielopoziomowym systemie rządzenia,  w ramach którego nie ma jednego podmiotu (państwa czy narodu) jako hegemona, a poprzez analogię ze Świętym Cesarstwem Rzymskim wskazuje się, że byłoby ono oparte na tzw. neośredniowiecznym paradygmacie.

Imperium to oparte byłoby na braku ustalonych granic terytorialnych (w związku z różnymi reżimami przynależności lub nie państw członkowskich do różnych obszarów integracji), braku ścisłych obszarów kompetencji, zróżnicowanym poziomie integracji, policentrycznych strukturach władzy, zróżnicowanym pojęciu obywatelstwa oraz suwerenności składających się na nią zróżnicowanych podmiotów. UE jako „imperium” byłaby wspólnotą polityczną, będą od początku swego istnienia „związkiem trzech „s”: small, soft i smart power, w porównaniu do tradycyjnych imperiów nowożytnych opierających swoja pozycję przede wszystkim na instrumentach określanych jako hard power. Jednocześnie aktualności po Brexicie nabrała teza Herfieda Münklera, który  uważa, że nie można uznać jej za imperium, dopóki UE nie doświadczyła pełnego cyklu niestabilności terytorialnej (ekspansja, kurczenie się i rozrost). Hipoteza ta potwierdzi się, gdy po wyjściu Wielkiej Brytanii Unia Europejska doświadczy kolejnego znaczącego rozszerzenia o państwa Europy Południowej i Wschodniej.

W zamian w szerszym zakresie wykorzystywany jest w UE mechanizm wzmocnionej współpracy, który z pozoru jest instrumentem współpracy międzyrządowej (lub tzw. integracji elastycznej) państw, które chcą pogłębić integrację w określonych dziedzinach. Jednakże faktycznie mechanizm wzmocnionej współpracy traktowany jest jako metoda federalizacji kroczącej, obejmującej najpierw niektóre państwa, ale w ramach którego zachęca się lub często zmusza pozostałe państwa do włączenia się do współpracy ze względu na spójność sytuacji prawnej swoich obywateli z sytuacją obywateli państw uczestniczących już we wzmocnionej współpracy (np. wzmocniona współpraca w zakresie przepisów dotyczących rozwodów, patentów i podatków).  Ponadto w samym traktacie lizbońskim wprowadzono  wiele innych furtek dla odchodzenia od konfederacyjnego podejmowania decyzji za zgodą wszystkich i ograniczenia stosowania głosowania jednomyślnego poprzez różnego rodzaju klauzule pomostowe, „hamulec bezpieczeństwa” oraz przyśpieszenia, czy tzw. konstruktywne wstrzymanie się od głosu.

Wskazuje się także na problem deprecjacji roli parlamentów narodowych w kontekście  rozszerzania traktatowego zakresu kompetencji legislacyjnych UE, wraz z kolejnymi rewizjami traktatów, które prowadziły do poszerzenia władzy prawodawczej UE, a także coraz bardziej ekspansywnego używania instrumentów prawnych przez instytucje unijne. Zwraca się uwagę na uchwalanie rozporządzeń w coraz większej liczbie sytuacji, w tym przyjmowanie ich na podstawie art. 114 Traktatu funkcjonowaniu o Unii Europejskiej, który służy harmonizacji prawa, a nie jego unifikacji, a także niekiedy bardzo szczegółowa regulacja zawarta w dyrektywach, często zmierzająca do harmonizacji sztywnej i zupełnej. Takie działania wyraźnie kolidują z unijną zasadą pomocniczości, ale przyczyniają się również do instrumentalizacji parlamentów narodowych i sprowadzanie ich zasadniczej funkcji prawodawczej do kopiowania prawa unijnego. Próby kompensowania pozycji parlamentów narodowych poprzez możliwość kontroli poszanowania zasady pomocniczości, są zaś iluzoryczne w świetle praktyki stosowania tej procedury traktatowej.

Formy zróżnicowanej integracji można wyróżnić w oparciu o następujące kryteria: 1) czas – zróżnicowane obowiązywanie reguł jest przejściowe lub stałe; 2) terytorium – zróżnicowane horyzontalne (obowiązywanie przepisów w różnych państwach); 3) przedmiot – zróżnicowanie dotyczy treści reguł w ramach poszczególnych polityk i aktów prawnych; 4) metoda współpracy – zróżnicowanie wertykalne(od koordynacji międzyrządowej do metody wspólnotowej).

Koncepcja zróżnicowanej integracji sformułowana została w raporcie Leo Tindemansa z 1975 r. – wszystkie państwa akceptują przyjęte prawo, ale niektóre z nich mają prawo do derogacji (wyłączenia z obowiązku spełnienia pewnych zobowiązań), jeśli nie są w stanie spełnić pewnych zobowiązań. Jej instytucjonalizacja prawna nastąpiła w Jednolitym Akcie Europejskim z 1986 r. Jednym z wymiarów tej koncepcji była idea Ralf Dahrendorfa Europy a la carte, zakładająca integrację tam gdzie są wspólne interesy, bez ograniczeń dla tych którzy nie mogą lub nie chcą do nich dołączyć. Inną modyfikacją koncepcji  zmiennej integracji była  koncepcja „zmiennej geometrii” zwana też „modelem koncentrycznych kręgów”(F. Mitterand, E. Balladur), przewidująca, że silniej zintegrowanemu rdzeniowi towarzyszyłby środkowy krąg nieco mniej zintegrowanych państw członkowskich i zewnętrzny krąg państw niebędących członkami UE i luźniej z nią powiązanych więzami ekonomicznymi i w zakresie bezpieczeństwa. Dalszą modyfikacją była koncepcja „integracyjnego rdzenia”(hard core), czyli skupienia się innych państw wokół Niemiec i Francji (model dwu lub wielu prędkości), a pozostałe państwa miały ewentualnie dołączyć do niego w przyszłości.