Analizując pozycję sądów krajowych w unijnym wymiarze sprawiedliwości należy podkreślić, że zakres obowiązków sądów krajowych jest ściśle powiązany z obowiązkiem zagwarantowania efektywności prawa unijnego. Prawo unijne, które w większości zawiera normy materialne urzeczywistniane jest przez normy proceduralne państw członkowskich. Państwa członkowskie korzystają w tym zakresie z zasady autonomii proceduralnej. Jak podkreślił to Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej w sprawie C 45/76 „W braku uregulowań wspólnotowych w danej dziedzinie, to do krajowego systemu prawnego każdego Państwa Członkowskiego należy wyznaczenie sądów i określenie zasad proceduralnych dotyczących środków prawnych służących zapewnieniu ochrony praw, które obywatele wywodzą z bezpośredniego skutku prawa wspólnotowego. Konstrukcja ta interpretowana jest szeroko i obejmuje nie tylko środki procesowe, ale również zagadnienia ustrojowe.
Analizując pojęcie autonomii instytucjonalnej należy podkreślić, że ma ono szczególne znaczenie. Państwa członkowskie UE posiadają swobodę w zakresie kształtowania struktur publicznych, które odpowiadają za wykonywanie zobowiązań wynikających z prawa unijnego. Należy zatem podkreślić, że autonomia instytucjonalna oznacza możliwość swobodnego wyboru organów rządowych, samorządowych, nawet prywatnych, które zobligowane są do wykonywania zobowiązań unijnych oraz wyposażenie ich w konkretne kompetencji.
Odnosząc się bezpośrednio do struktury organizacyjnej oraz zasad funkcjonowania sądów krajowych należy zauważyć, że ten obszar nie tylko mieści się w zakresie zasady autonomii instytucjonalnej, ale co istotne należy do kompetencji państw członkowskich. Jednakże zgodnie z ugruntowanym stanowiskiem doktryny, autonomia państw członkowskich w tym zakresie nie ma charakteru absolutnego. Jak podkreślił TS Unii Europejskiej „chociaż organizacja wymiaru sprawiedliwości w państwach członkowskich należy do kompetencji tych ostatnich, to wciąż przy wykonywaniu tej kompetencji państwa członkowskie mają obowiązek dotrzymywać zobowiązań wynikających dla nich z prawa Unii”. Cezary Mik stoi na stanowisku, że państwa członkowskie, jako państwa demokratyczne po pierwsze zobowiązane są do zagwarantowania niezależności, bezstronności i poszanowania kompetencji własnej sądów, po drugie państwo nie można uchylić od odpowiedzialności za naruszenie prawa unijnego przez wskazanie specyficznej organizacji wewnętrznej.
Autonomia proceduralna związana jest nierozerwalnie z obowiązkiem zapewnienia ochrony sądowej praw przyznanych podmiotom, które wywodzą się z prawa unijnego. W literaturze przyjmuje, że oznacza ona całokształt warunków bazowych, czyli wszelkie kwestie dotyczące całościowego zespołu metod dochodzenia i egzekwowania prawa, przewidzianego prawem krajowym, a jeszcze obszerniej jako ogół uregulowań krajowych dotyczących właściwości sądu do rozstrzygania konkretnej sprawy. Zatem do kompetencji państw członkowskich należy określenie: właściwości sądów krajowych do rozpoznania spraw z zakresu prawa wspólnotowego, określenie warunków i środków proceduralnych odnoszących się do postępowania przed sądami (terminy procesowe, warunki dopuszczalności skargi, zasady dowodowe). Należy jednak pamiętać, że zasada ta obowiązuje w zakresie, w jakim nie została przyjęta regulacja unijna normująca wskazane kwestie organizacyjne. Wówczas nie jest stosowania zasada autonomii instytucjonalnej, ale zasada prymatu prawa unijnego.
Wyjaśniając relacje między autonomią proceduralną a kompetencjami państw podkreśla się, że należy je rozpatrywać w dwóch płaszczyznach materialnej i funkcjonalnej. Pierwsza stanowi wyraz zasady przyznania. Natomiast w znaczeniu funkcjonalnym oznacza przyznanie UE kompetencji do stanowienia prawa w zakresie dziedzin materialnych zastrzeżonych lub dopuszczonych do tych regulacji, a państwom członkowskim kompetencji do wykonywania tego prawa i obejmuje ona właśnie zagadnienie autonomii proceduralnej. W tym kontekście podział kompetencji między UE i państwami członkowskimi polega zatem na przyznaniu państwom pierwszeństwa działania, jednak gdy jest ono nieefektywne (nie spełnia standardu unijnego), przejmuje jej UE najczęściej na poziomie orzeczniczym a nie legislacyjnym. Wielu autorów podkreśla, że zasada autonomii proceduralnej stale się zmniejsza w wyniku: po pierwsze rosnącej aktywności prawotwórczej UE w obszarze zagadnień proceduralnych; po drugie aktywności orzeczniczej TS, który ustanawia zasady korzystania przez sądy krajowe z kompetencji do stosowania i wykładni krajowych przepisów proceduralnych.
Jednakże zgodnie z orzecznictwem TS autonomia proceduralna nie ma charakteru absolutnego i ograniczona jest potrzebą zagwarantowania praktycznej skuteczności prawa unijnego (efektywności prawa unijnego) i ekwiwalentności środka procesowego (reguły procesowe nie mogą być mniej korzystne dla roszczeń opartych na prawie UE).
Wskazana zasada wyinterpretowana została z ogólnej zasady niedyskryminacji. Inaczej określana jest jako zasada zgodności, kompatybilności czy równoważnego traktowania proceduralnego roszczeń opartych na prawie UE. Oznacza, że roszczenia oparte na prawie unijnym nie mogą być procesowo gorzej traktowane niż podobne roszczenia oparte na prawie krajowy. Należy zatem przyjąć, że zasady proceduralne oraz sankcje stosowane przy skardze opartej na prawie UE nie mogą być mniej korzystne niż dla skarg opartych na prawie krajowym. Kluczowym zagadnieniem niezbędnym do właściwego zastosowania zasady ekwiwalentności jest doprecyzowanie pojęcia „podobne roszczenia”. Zgodnie ze stanowiskiem TS należy uwzględnić dwie przesłanki. Po pierwsze to do sądu krajowego należy ocena czy roszczenie oparte na prawie unijnym jest podobne do roszczenia wynikającego z prawa krajowego. Po drugie dokonując oceny sąd krajowy bierze pod uwagę: cel i istotne cechy roszczenia.
Zasadę efektywności prawa unijnego należy rozumieć w dwóch aspektach. Po pierwsze jako zasadę gwarantującą skuteczność prawa unijnego, która ponadto precyzuje wzajemne relacje między prawem unijnym i prawem krajowym. Jest źródłem dwóch innych zasad definiujących charakter prawa unijnego: zasady pierwszeństwa i zasady bezpośredniego skutku. Po drugie w węższym znaczeniu jako potrzeba zagwarantowania przez prawo krajowe skutecznej i adekwatnej ochrony prawnej roszczeń opartych na prawie unijnym, czyli, że przepisy proceduralne państw członkowskich nie będą czynić faktycznie niemożliwym lub nadmiernie utrudnionym dochodzenie roszczeń opartych na prawie UE. Konsekwentnie regulacje procesowe, które utrudniają w sposób bezpośredni lub pośredni, rzeczywiście lub potencjalnie efektywność prawa UE powinny być uznane za niezgodne z prawem UE. Wówczas zasada ta pozwala na niezastosowanie normy krajowej. Do sądu krajowego należy podjęcie decyzji o niemożliwości stosowania prawa krajowego w związku z niezgodnością z prawem UE.
