Kompetencje Unii Europejskiej (UE) w sprawach podatkowych związane są głównie z prawidłowym funkcjonowaniem wspólnego rynku, tj. z ochroną transgranicznej działalności gospodarczej przed zakłóceniami związanymi z opodatkowaniem i konkurencją. UE nie jest uprawniona do nakładania i pobierania podatków, ponieważ podatki są zasadniczo domeną państw członkowskich. Polityka podatkowa jest dla UE narzędziem budowania szerszego międzynarodowego podmiotu gospodarczego i przybiera postać harmonizacji, rozumianej jako proces zbliżania i dostosowywania reżimów podatkowych państw członkowskich dla realizacji wspólnych celów. Podstawowym celem harmonizacji jest stworzenie wspólnego rynku wewnętrznego, na którym zapewniony jest swobodny przepływ towarów i usług przy zachowaniu zasad równej konkurencji. Działania UE w obszarze polityki podatkowej są prowadzone w ramach respektowania zasady pomocniczości, co oznacza, że UE działa tam, gdzie państwa członkowskie nie są w stanie samodzielnie skutecznie osiągnąć celów.
Polityka podatkowa Unii Europejskiej obejmuje opodatkowanie pośrednie, dotyczące swobodnego przepływu towarów oraz swobody świadczenia usług na jednolitym rynku, oraz opodatkowanie bezpośrednie, czyli podatki od dochodu, majątku i kapitału. W odniesieniu do opodatkowania pośredniego UE koordynuje i harmonizuje przepisy dotyczące podatku od wartości dodanej (VAT), akcyzy od alkoholu, tytoniu i energii oraz cła, a także podatek od gromadzenia kapitału. Podatki bezpośrednie pozostają formalnie w wyłącznej gestii państw członkowskich, niemniej UE przyjęła pewne zharmonizowane normy w zakresie opodatkowania przedsiębiorstw. Polityka UE tym w zakresie koncentruje się głównie na środkach związanych z funkcjonowaniem jednolitego rynku i ma służyć zapewnieniu jego prawidłowego działania bez zakłócenia konkurencji w wyniku różnic w systemach prawnych państw członkowskich. Podatek dochodowy od osób fizycznych nie jest zasadniczo objęty przepisami unijnymi, a działalność UE w tej dziedzinie opiera się na orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości. Zarówno w odniesieniu do przedsiębiorstw, jak i osób fizycznych, TSUE orzeka głównie w kontekście swobody przepływu osób, usług, kapitału i towarów.
Podstawą prawną harmonizacji w zakresie podatków pośrednich jest art. 113 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (TFUE), zgodnie z którym Rada, stanowiąc jednomyślnie zgodnie ze specjalną procedurą prawodawczą i po konsultacji z Parlamentem Europejskim oraz Komitetem Ekonomiczno-Społecznym, uchwala przepisy dotyczące harmonizacji ustawodawstw odnoszących się do podatków obrotowych, akcyzy i innych podatków pośrednich w zakresie, w jakim harmonizacja ta jest niezbędna do zapewnienia ustanowienia i funkcjonowania rynku wewnętrznego oraz uniknięcia zakłóceń konkurencji. W dziedzinie opodatkowania energii podstawą prawną harmonizacji przepisów dotyczących podatków, w tym akcyzy, jest oprócz art. 113 TFUE również art. 192 TFUE.
Traktat nie zawiera podstawy prawnej do harmonizacji podatków bezpośrednich. Podatki te zostały pozostawione poza zakresem ścisłej harmonizacji, ponieważ nie było to postrzegane jako zagadnienie istotne dla utworzenia wspólnego rynku. Ponadto państwa członkowskie niechętnie odnosiły się do oddawania kompetencji w tym zakresie, uważając politykę w zakresie opodatkowania osób fizycznych i osób prawnych jako istotny element suwerennej polityki państwowej.
Wobec braku w TFUE szczególnych przepisów dotyczących harmonizacji podatków bezpośrednich podstawą prawną dla inicjatyw harmonizacji w sferze podatków bezpośrednich stał się art. 115 TFUE. Na jego podstawie Rada jest uprawniona do wydawania dyrektyw w celu zbliżenia przepisów ustawowych, wykonawczych i administracyjnych państw członkowskich, które mają bezpośredni wpływ na ustanowienie lub funkcjonowanie rynku wewnętrznego. Dyrektywy te mogą być przyjęte jedynie w drodze jednomyślnej decyzji Rady, zgodnie ze specjalną procedurą ustawodawczą i po konsultacji z Parlamentem Europejskim i Komitetem Ekonomiczno-Społecznym. Proces harmonizacji w zakresie podatków bezpośrednich na tej podstawie jest przedsięwzięciem trudnym, gdyż regulacje harmonizujące przepisy podatkowe muszą zyskać akceptację wszystkich państw członkowskich. Z tego względu Komisja Europejska coraz częściej posuwa się do przedstawiania wniosków legislacyjnych dotyczących opodatkowania korzystając z innych przepisów, dających możliwość głosowania większościowego. Dotyczy to regulacji z zakresu polityki klimatyczno-energetycznej (art. 192 i 194 TFUE), a także art. 122 TFUE, który przewiduje kompetencje prawodawcze na wypadek „szczególnych okoliczności”.
Jako podstawa prawna harmonizacji podatków bezpośrednich może służyć także art. 116 TFUE, który ma zastosowanie w przypadku, gdy Komisja stwierdzi, że różnica między przepisami ustawowymi, wykonawczymi lub administracyjnymi Państw Członkowskich narusza warunki konkurencji w rynku wewnętrznym i powoduje w ten sposób zakłócenie, które powinno być wyeliminowane. Jeżeli konsultacje z zainteresowanymi Państwami Członkowskimi nie doprowadzą do porozumienia eliminującego to zakłócenie, Parlament Europejski i Rada, stanowiąc zgodnie ze zwykłą procedurą ustawodawczą, przyjmują w tym celu niezbędne dyrektywy. W tej procedurze Rada podejmuje decyzję kwalifikowaną większością głosów na wniosek Komisji. Na podstawie art. 116 TFUE mogą też zostać przyjęte wszelkie inne właściwe środki przewidziane w traktacie.
Harmonizacja podatków bezpośrednich brana jest pod uwagę tylko w takim stopniu, w jakim odmienne uregulowania w podatkach dochodowych mogą ograniczać swobodę przepływu dochodów (w szczególności pasywnych, takich jak dywidendy, odsetki, opłaty licencyjne) oraz kapitału pomiędzy państwami UE. Dotyczy to głównie podatku dochodowego od osób prawnych, choć podatek ten wciąż cechuje ogromna różnorodność rozwiązań w zakresie podmiotowości podatkowej, kosztów uzyskania przychodów i wydatków podlegających odliczeniu od podstawy opodatkowania. W tym zakresie podjęto próby ujednolicenia zasad ustalania podstawy opodatkowania, co jednak nie zostało do tej pory wdrożone. Organy UE nie podejmują inicjatyw mających na celu ujednolicenie konstrukcji podatków dochodowych od osób fizycznych.
